Алелно-специфичната олигонуклеотидна полимеразна верижна реакция (ASO PCR) е алтернативен метод за откриване на мутации, при който само идеално съчетаният олигонуклеотид може да действа като праймер за амплификация. Предимството на ASO-PCR е, че това е бърз, прост и нерадиоактивен метод.
ASO-PCR, известен също като система за амплификация на мутации (ARMS), е описан за първи път за откриване на мутации в гена α1-антитрипсин.
Оттогава тя е възприета при изследването на няколко гена, включително пренатална диагностика на муковисцидоза, полиморфизми на аполипопротеин Е и точкови мутации в онкогена ras.
При тази техника олигонуклеотидните праймери са проектирани така, че да са комплементарни на нормалната (див тип) или мутантната последователност, и двете се използват заедно с общ праймер.
Тъй като ДНК полимеразата не притежава 3′ екзонуклеазна активност, тя не е в състояние да поправи еднобазовото несъответствие между праймера и темплейта в 3′ края на ДНК праймерите.
Следователно, ако олигонуклеотидните праймери са проектирани така, че да съдържат несъответствия в близост до или в 3′ края, праймерът ще се разшири или не в зависимост от това кои алтернативни полиморфизми на една база са налице в целевата последователност.
Следователно при подходящи строги условия ще се амплифицира само целева ДНК, която е точно комплементарна на праймера.
Прост протокол за алелно-специфичен нуклеотиден PCR е показан по-долу.